Géographie
La longueur de son cours d'eau est de 79,9 km.
L'Agly prend sa source près du col du Linas, au nord-est du Pech de Bugarach (1 230 m) dans les Corbières, département de l'Aude, à 940 m d'altitude.
Il passe ensuite dans les Pyrénées-Orientales par les gorges de Galamus, arrose Saint-Paul-de-Fenouillet et traverse la Clue de la Fou, est retenu par un barrage, situé sur la commune de Cassagnes, passe à Estagel où il reçoit le Verdouble. Un aqueduc romain traverse l'Agly à hauteur de Ansignan.
Il se jette dans la mer Méditerranée au sud de la station balnéaire du Barcarès à la limite de Torreilles.

Communes et cantons traversés
l'Agly traverse vingt-trois communes dans les deux départements suivants de :

Aude : Bugarach, Cubières-sur-Cinoble, Camps-sur-l'Agly
Pyrénées-Orientales : Saint-Paul-de-Fenouillet, Ansignan, Caramany, Latour-de-France, Estagel, Cases-de-Pène, Espira-de-l'Agly, Rivesaltes, Claira, Saint-Laurent-de-la-Salanque, Torreilles, Le Barcarès, Calce, Trilla, Cassagnes, Pia, Lesquerde, Saint-Arnac, Rasiguères, Planèzes.

Toponymes
L'Agly a donné son hydronyme aux deux communes suivantes de Camps-sur-l'Agly et Espira-de-l'Agly.

Bassin versant
L'Agly traverse les huit zones hydrographiques Y060, Y061, Y062, Y063, Y064, Y065, Y066, Y067 pour une superficie totale de 1 055 km2. Ce bassin versant est constitué à 71,23 % de « forêts et milieux semi-naturels », à 26,70 % de « territoires agricoles », à 1,81 % de « territoires artificialisés », à 0,20 % de « surfaces en eau ». Le bassin versant de l'Agly concerne soixante-cinq communes des deux départements de l'Aude et Pyrénées-Orientales.

Organisme gestionnaire
L'organisme gestionnaire est le SMBVA ou syndicat mixte du bassin versant de l'Agly, créé en janvier 2015, et sis à Saint-Paul-de-Fenouillet,,.